2029, Newport City. Le Major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra-perfectionnée, à la tête de la Section 9, une unité d'élite anti-terror- iste, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d'altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le « Marionnettiste », à la réputation aussi mystérieuse qu'insaisissable, devient la cible d'une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du Ministère des Affaires Etrangères et de son mystérieux Projet 2501. Ecoutant sa voix intérieure, Motoko se lance corps et âme dans une quête sans relâche qui l'amènera à questionner son existence et sa part d'humanité.