L'armée allemande est en avance sur bien des projets en 1945. L'un d'eux n'est autre qu'un missile gigantesque tourné en direction des USA. Les forces américaines ont eu connaissance de cette menace et font irruption dans la base des nazis. Captain America, un soldat doté d'une force surhumaine suite à des expériences scientifiques, élimine bon nombre d'Allemands à la tête de ses troupes. Le lancement du missile est alors programmé et de justesse, Captain America parvient à s'accrocher à celui-ci. Afin d'éviter que la bombe ne dévaste son pays, le soldat provoque alors son déclenchement avant de chuter au beau milieu de l'Océan Atlantique... Des années plus tard, en 2002, le SHIELD, une organisation anti-terroriste, essaie de rassembler plusieurs super-héros. Nick Fury, le chef de l'organisme, a déjà rencontré plusieurs profils intéressants comme Tony Stark, Jan et Hank Pym. Leurs capacités sont très différentes, l'un est un inventeur de génie et le couple des scientifiques assez géniaux. Alors que Fury façonne les contours de son équipe, il est averti d'un événement improbable : Captain America est vivant et identique à celui qu'il était en 1945...