Keitaro Amagi est un jeune homme passionné par les océans. Enfant, son père lui a transmis cette fascination pour ces mondes mal connus. Devenu adulte, il répond alors tout naturellement à une embauche pour devenir simple balayeur au tout nouveau Magmell Deep Sea Aquarium. Ce gigantesque complexe sous-marin vient d'ouvrir et offre à ses visiteurs une découverte inédite de la faune sous-marine, à 200 m de profondeur. La passion de Keitaro l'emmènera sur des chemins inattendus au service du Magmell. Auprès du professeur Minato, le balayeur devra apprendre les secrets des calamars géants, sauver une espèce en danger, se confronter aux pêcheurs, et apprendre à préserver autant que possible un monde marin toujours plus mis en danger par les activités humaines.