Fujimaru est embarqué malgré lui dans le plan "Bloody Monday", un complot terroriste orchestré dans l’ombre par le mystérieux "K«. Grâce aux conseils d’Otoya, Fujimaru parvient à démasquer Maya et réussit à la capturer. Conduite au bureau du "THIRD-i", elle est soumise à un interrogatoire. Pendant ce temps, Fujimaru s’attèle au déchiffrement des deux fichiers que lui a remis son père et découvre une étrange similitude qui rapproche l’affaire actuelle d’une autre survenue deux ans plus tôt.