Un agent secret russe est retrouvé mort dans une chambre d’hôtel de Tokyo. Derrière cette affaire se cachent une femme prénommée Maya et une attaque bactériologique répondant au nom de code "Bloody Monday". À la demande de l’Agence de sécurité publique à laquelle appartient son père, Fujimaru Takagi, hacker de prodige, s’attaque au décryptage d’un fichier informatique. Victime d’un piège, son père est contraint de partir en cavale. En visionnant le fichier vidéo qu’il est parvenu à extraire, Fujimaru commence à porter ses soupçons sur sa nouvelle professeure, Maya Orihara.