La peine de mort n'existe plus au Japon. Le châtiment qui la remplace est l'exil sur une île coupée de tout. C'est sur cette île isolée de l'archipel qui a changé de localisation suite aux événements tragiques de la saison 1 qu'est envoyé Jin Sunosaki. Les prisonniers y sont détenus dans des conditions très strictes et tout débordement est sévèrement puni. Accusé de meurtre, Jin ne se souvient de rien. Est-il vraiment coupable ou bien n'est-il qu'un simple pion sur un échiquier trop grand pour lui ?