Sétsuna se trouve coincé entre son amour impossible pour sa jeune sœur et le fait qu'il doive subir la fatalité d'être la réincarnation de l'ange organique Alexiel. Rochel, l'ange inorganique (et le frère jumeau dAlexiel), va brusquement faire son apparition. Il va poursuivre avec détermination Sétsuna et sa sœur, en utilisant le fameux jeu vidéo " Angel Sanctuary ", qui a déjà fait plusieurs victimes. Nous allons aussi découvrir que l'unique personne qui était, jusqu'à maintenant, à l'écoute de Sétsuna cache, en fait, un terrible secret...