Premier volume de la trilogie romanesque, qui se poursuit avec Malone meurt et L'Innommable, Molloy présente deux parties bien distinctes, centrées sur deux personnages différents (Molloy et Moran). Dans la première, le vieux solitaire Molloy nous raconte certains passages de sa vie, sous la forme de longues ressouvenances, accompagnées de vagues réflexions, de tentatives de comprendre avortées. Il est plus ou moins amnésique, paralysé d’une jambe, et bientôt des deux. Il désire rendre visite à sa mère, bien qu’on le voie à son chevet, mais sans qu’il sache si elle est vivante ou morte. Pour la voir, il décide de partir et enfourche sa bicyclette. La seconde partie est narrée par Jacques Moran. Celui-ci se voit confier une mission par son supérieur hiérarchique, le mystérieux Youdi : retrouver Molloy (ou Mollose). C’est Gaber, le messager, qui vient porter l’injonction à Moran un dimanche après-midi. Les deux récits se répondent dans une série d'échos fuyants et indistincts, et sont composés de jeux de miroirs et de boucles.