Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager à la recherche d'une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une porte délabrée trônant au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée, et d'autres portes s'ouvrent alors aux quatre coins du Japon, laissant passer toutes les catastrophes qu'elles renfermaient. L'homme est formel : toute porte ouverte doit être refermée. Suzume s'est égarée où se trouvent les étoiles, le crépuscule et l'aube, une voûte céleste où tous les temps se confondent. Guidée par des portes nimbées de mystère, elle entame un périple afin de toutes les refermer.